Entre las exposiciones individuales de Doherty, destacan:
False Memory en el Museo de Arte Moderno de Irlanda en Dublín y el Instituto De Appel en Ámsterdam;
True Nature en la Renaissance Society en Chicago;
Somewhere Else, en la Tate Gallery en Liverpool y en el Museo de Arte Moderno en Oxford;
Dark Stains, en Berna, en la Fundación Gulbenkian en Lisboa y en el Musée d’Art Moderne de la Ville de Paris. Doherty representó a Irlanda en la Bienal de Venecia en 1993 y le fue otorgado el Irish Museum of Modern Art/Glen Dimplex Artist Award en 1995. También fue nominado para el Turner Prize, el más prestigiado de las artes en Reino Unido, en 1994 y en 2003.
El trabajo de Doherty ha sido incluido en numerosas muestras colectivas, incluyendo: Wounds en el Moderna Museet en Estocolmo; Cocido y Crudo en el Reina Sofía en Madrid; Face a l´Histoire 1933-96, en el Centre Georges Pompidou en Paris; No Place Like Home en el Walker Art Center en Minneapolis; Being & Time en el Museo Albright-Knox en Búfalo; I.D. en el Stedelijk Van Abbemuseum en Eindhoven y en el Carnegie International en 1999 en Pittsburgh.
Su obra forma parte de las colecciones del Albright-Knox Art Gallery, el Museo de Arte Moderno de Dallas, el Museo de Arte Moderno Irlandés, la Tate Gallery en Londres, el Museo Carnegie, el Moderna Museet, la Fundación Weltkunst en Londres y la Sammlung Goetz, Munich.